วันที่ 5 ก.ย. 2565 ที่ศาลอาญาคดีทุจริตและประพฤติมิชอบกลาง นิพนธ์ บุญญามณี รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทย เดินทางมาตามนัดหมายกรณีที่คณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) ส่งฟ้องคดีอาญา เนื่องจากไม่จ่ายเงินค่ารถซ่อมบำรุงทางอเนกประสงค์ 

ทันทีที่เดินมาถึง นิพนธ์ แจ้งต่อสื่อมวลชนว่า ในเช้าวันนี้ ตนได้แจ้งขอลาออกจากตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทย ต่อ พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โชา และแจ้งต่อ จุรินทร์ ลักษณวิศิษฏ์ หัวหน้าพรรคประชาธิปัตย์แล้ว และเห็นว่าคดีดังกล่าวจะเข้าสู่กระบวนการพิจารณาของศาล ตนจึงตั้งใจจะสู้คดีให้ถึงที่สุด โดยไม่อยากให้มองว่านำตำแหน่ง รมช.มหาดไทย มาเกี่ยวข้องหรือกดดันต่อรูปคดี พร้อมทั้งกล่าวอีกว่า พล.อ.ประยุทธ์ ได้ให้กำลังใจต่อการตัดสินใจของตนอีกด้วย 

นอกจากนี้ นิพนธ์ ยังได้ยืนยันต่อการตัดสินใจไม่จ่ายเงินค่ารถซ่อมบำรุงทางเอนกประสงค์เนื่องจากยึดผลประโยชน์ของประเทศชาติ และไม่เคยเสียใจที่ตัดสินใจเช่นนั้น

ขณะที่ผู้สื่อข่าวถามว่า การเลือกตั้งทั่วไปในปี 2566 จะลงสมัครหรือไม่ นิพนธ์ กล่าวว่า คงต้องพิจารณาอีกครั้ง เพราะคดีนี้มีคำสั่งฟ้องให้เพิกถอนคำสั่งกระทรวงมหาดไทยของ ป.ป.ช. ในศาลปกครองกลางด้วย ถ้าผลออกมาเป็นบวกตนจะไม่เสียใจ เพราะทำหน้าที่ นายก อบจ.สงขลา ได้อย่างดีที่สุด และการยื่นคำร้องขอไต่สวนฉุกเฉินให้กลับไปพิจารณาคดีความที่ศาลอาญาคดีทุจริตและประพฤติมิชอบภาค 9 ขอให้เป็นเรื่องของทนายความที่ต้องจัดการ 

ทั้งนี้ ผู้สื่อข่าวรายงานว่า เมื่อวันที่ 1 ก.ย. ที่ผ่าน นิพนธ์ ได้แถลงต่อการสู้คดีในครั้งนี้โดยมี วสันต์ สร้อยพิสุทธิ์ อดีตประธานศาลรัฐธรรมนูญจะรับหน้าที่เป็นทนายความ เนื่องจากเห็นว่า นิพนธ์ ไม่ได้รับความเป็นธรรม และพร้อมจะเปิดหน้าสู้กับ ป.ป.ช. โดยมั่นใจว่าจะชนะคดีนี้อย่างแน่นอน