สาระสำคัญของคำสั่งแม่ทัพภาคที่ 4 คือให้อำนาจหน้าที่คณะทำงานฯ ติดตามตรวจสอบหาข้อมูลเพื่อใช้ในการดำเนินคดีตามกฎหมายเป็นไปด้วยความเรียบร้อย และสามารถปฏิบัติภารกิจได้อย่างมีประสิทธิภาพสมความมุ่งหมายของทางราชการ 

คณะทำงานมีเจ้าหน้าที่รัฐทั้งหมด 22 นาย มี 19 นายเป็นทหาร และ 3 นายเป็นตำรวจ หัวหน้าคณะฯ คือ พล.ต.ไพศาล หนูสังข์ มีพล.ต.ต.ปิยวัฒน์ เฉลิมศรี รอง ผบช.ภ.9, พล.ต.วัชรวิชย์ ณรงค์พันธุ์ และ พ.อ.อัฑฒเศรษฐ์ เต็มมีศร เป็นรองหัวหน้าคณะฯ

คำสั่งของแม่ทัพภาคที่ 4 ยังกำหนดมาตรการควบคุมให้มีการประชุมเดือนละ 1 ครั้ง ทุกสัปดาห์ที่ 3 ของเดือน โดยให้คณะทำงานต้องประชุมเตรียมข้อมูล 1 วันก่อนประชุม รายงานผลให้ ผอ.รมน.ภาค 4 ทราบทุกเดือน และสรุปผลการปฏิบัติตามวงรอบ 1 เดือน 3 เดือน 6 เดือน และ 1 ปี

ล่าสุด ชาญวิทย์ เกษตรศิริ นักประวัติศาสตร์และอดีตอธิการบดี ม.ธรรมศาสตร์ ระบุผ่านเฟซบุ๊กว่า “ใครหนอที่บิดเบือนประวัติศาสตร์ของชาติและราษฎรไทย Who fakes History of the Thai Nation and the Thai People?”

ชาญวิทย์ กล่าวว่า นี่คือหนึ่งในหลายๆ อุปสรรคในการสร้างสันติสุข ชายแดนใต้ เป็นความเขลาและความล้มเหลวของ "รัฐราชการไทย" ที่ไม่ยึดหลักสิทธิมนุษยชน ไม่เป็นประชาธิปไตย และไม่เป็นสากล

“การออกคำสั่งแบบนี้ ขัดต่อหลักนานาอารยะ และหลักวิชาการประวัติศาสตร์ ทั้งนี้เพราะประวัติศาสตร์เปนสมบัติส่วนรวมของชาติ และของราษฎรไทย เป็นของมนุษยชาติ ดังนั้นจึงไม่ใช่สมบัติส่วนตัวขององค์กรใด หรือกลุ่มบุคคลใดๆ (เพียงไม่กี่คน ที่ขาดหลักวิชาการ ขาดความรู้ความเข้าใจต่ออดีต)” 

นักประวัติศาสตร์ อธิบายว่า การบิดเบือนประวัติศาสตร์ที่ผ่านๆ มาหลายทศวรรษ (โดยเฉพาะในยุคสงครามเย็น และการต่อสู้กับคอมมิวนิสต์ภายในและภายนอกประเทศ) นั้นเกิดจากชนชั้นนำผู้กุมอำนาจรัฐไทย กับผู้ปกครองเพียงไม่กี่คน ดังที่เราจะเห็นได้จากความคิดทางประวัติศาสตร์สกุลพงศาวดารเก่าๆ ตกยุคสมัย ตกรุ่น (phraratcha phongsawadan - royal chronicle school of thought)

“ที่สร้างประวัติศาสตร์ว่าคนไทยอพยพมาจากเทือกเขาอัลไต, ที่เหมารวมว่าอาณาจักรน่านเจ้าเปนของคนไทย, ที่ผูกขาดให้ไทยมีแค่สมัย 3 กรุง คือ สุโขทัย อยุธยา รัตนโกสินทร์ ส่วนธนบุรีตกหายไป, ที่บิดเบือนประวัติศาสตร์ของรัฐราชอาณาจักรดั้งเดิมที่อยู่มาก่อนในภาคเหนือ ภาคอีสาน ภาคกลาง และภาคใต้ รวมทั้งในประเทศเพื่อนบ้าน

“ที่บิดเบือนประวัติศาสตร์กับบทบาทของพระเจ้าตากสินมหาราช, ที่ด้อยและทำลายคุณค่าการปฏิวัติ 2475 ของคณะราษฎร, ที่ไม่ใส่ใจต่อจิตวิญญาณและความกล้าหาญของผู้คนเดือนตุลาฯ กับผู้คนเดือนพฤษภาฯ” 

“ดังนั้นในฐานะผู้ศึกษาประวัติศาสตร์และสอนประวัติศาสตร์ ผมพบว่าประวัติศาสตร์จะต้องมีการถกเถียง และจะต้องยอมรับในความแตกต่างทางความคิดความเห็น ต้องมีการตีความได้ใหม่ๆ เสมอ โดยเฉพาะเมื่อมีข้อมูลใหม่ๆ และความคิดความรู้ทางวิชาการใหม่ๆ (ต้องไม่จมปลักอยู่กับที่)

“และที่สำคัญคือต้องไม่มีการผูกขาดโดยองค์กรใดองค์กรหนึ่ง โดยเฉพาะกลุ่มบุคคลที่กุมอำนาจรัฐ ที่ใช้ทั้งกฎหมาย ทั้งตุลาการ/หมอความ ใช้ทั้งกำลังพลรบ รวมทั้งใช้อาวุธ บีบบังคับปราบปรามให้ประวัติศาสตร์ "มี" เพียงเวอร์ชั่น หรือสำนักสกุลเดียว ที่มีขึ้นมาได้โดยข้าราชการ ของข้าราชการ และเพื่อข้าราชการเท่านั้น” ชาญวิทย์ ย้ำ